UASB厭氧反應器的運行管理很重要的問題是安全問題。沼氣中的甲烷比空氣輕，非常易燃，空氣中甲烷含舉為 5 %-15 ％時，遇明火即發生爆炸。因此消化池、儲氣柜、沼氣管道及其附屬設備等沼氣系統，都應絕對密封，無沼氣漏出，并且不能使空氣有進人沼氣系統的可能，周圍嚴禁明火和電氣火花。所有電氣設備應滿足防爆要求。沼氣中含有微量有毒的硫化氫．但低濃度的硫化氫就能被人們所察覺。硫化氫比空氣密度大，必須預防它在低凹處積聚。沼氣中的二氧化碳也比空氣密度大，同樣應防止在低凹處積聚，囚為它雖然無毒，卻能使人窒息。因此，凡需因出料或檢修進人消化池之前，務必以新鮮空氣徹底置換池內的消化氣體，并做好UASB厭氧反應器的持續的足量通風，才可進人。
